L’Hydrobiologiste est un spécialiste de la qualité des eaux . Il  réalise des prélèvements et analyse les milieux aquatiques. Il intervient lors de la contamination d’un fleuve ou d’une rivière en effectuant des prélèvements qu’il étudie en laboratoire. Le but de l’étude de ces prélèvements est d’élucider la source du problème afin de préconiser des solutions.

Il est en quelques sortes le médecin traitant des milieux aquatiques. Lorsqu’il repère un symptôme de contamination dans un cours d’eau (couleur de l’eau suspecte, développement anormal d’algues, mortalité soudaine de poissons, etc.), il se rend sur le terrain pour faire des prélèvements. Ensuite, dans son laboratoire, il analyse les échantillons d’eau pour découvrir les causes du problème.

Une fois le diagnostic établi, il propose des solutions pour améliorer la qualité de l’eau et favoriser le repeuplement des rivières. Il suit ensuite l’évolution du programme préconisé. Son travail permet également de contribuer au recensement des pollutions ainsi que des usages et pratiques qui ont un impact négatif sur la faune et la flore aquatique.